商登科是在劳动争议仲裁机构未支持其请求后提起诉讼的。一审法院认为，公司因组织变革和组织架构调整，商登科所担任的主任工程师职位被撤销，经公司多次与其协商调整工作岗位但未能达成一致，公司按照法律规定和合同约定支付代通知金和解除劳动合同补偿金后解除双方劳动关系，符合法律规定，应认定合法解除。

根据查明的事实，一审法院认为，商登科诉称公司取消其职位具有针对性，以不接受降职为由拒绝岗位调整缺乏法律依据，对商登科主张的违法解除劳动关系事实不予采信。由此，一审法院判决驳回商登科的诉讼请求。

商登科不服该判决，向二审法院提起上诉。其理由是：公司所谓的“岗位取消”是其主动做出的，并非客观因素必须这样做。而公司这样做的目的，具有明显的针对性和不正当性。此外，其拒绝岗位调整并非不能接受降职，公司所谓的多次协商调整工作岗位其实是恶意调岗，不具备调岗必须遵循的目的性和经营必要性。况且，调整后的工资待遇和劳动条件也有明显的不利变更，且调整后的岗位非其所能胜任。因此，他请求公司向其支付违法解除劳动合同赔偿金750975元。

二审法院认为，商登科主张公司撤销其岗位的行为系针对其本人，且调岗后会降薪，但综合双方提交的证据，无法证明该主张。因公司组织架构调整，商登科岗位被撤销，劳动合同中约定的职位已不存在，双方多次就岗位调整进行协商但未达成一致。此时，公司解除劳动关系符合法律规定。