近十年来，上海市肠道传染病病原谱发生了巨大变化，霍乱、菌痢等传统肠道传染病得到了有效控制，霍乱发病数每年仅为个位，菌痢发病数每年也不足300例，而诺如病毒、副溶血性弧菌引起的腹泻日趋增多，诺如病毒逐渐成为最主要的腹泻病病原。
但现行霍乱、菌痢等“一病一监”的“直筒状”单病种监测系统不能准确监测到这些变化，也无法描绘出腹泻病流行病学和病原学的“全貌”，且对腹泻病的发展总趋势更是无法预测。“一样一检”的检测模式不但“性价比”低，也浪费了宝贵的标本资源。因此，优化改良现行传染病监测模式，并进行能力提升，已迫在眉睫。
早从2012年起，上海市疾控中心就相继建立腹泻病综合监测、急性呼吸道感染综合监测和发热伴出血、皮疹和神经系统症候群监测，创新构建传染病综合监测体系。多年的实践和结果表明，上海已经实时掌握本地腹泻病和急性呼吸道感染为主的传染病流行特征和变化规律，动态了解其病原谱的变化规律并进行预测，达到了预期目的。
创新构建传染病综合监测体系
2012年5月，上海经过3年的调研和论证后，通过对单病种监测网络的优化整合构建了一个新型的“腹泻病综合监测系统”，该系统覆盖腹泻病的所有单病种监测要求，并将食源性疾病监测有机融入。监测网络由22家医疗机构、17家区疾控中心和市疾控中心构成。监测系统实现了“多病一监”和“一样多检”，并推出“二级平台”的信息架构。
2014年和2015年，本市又在此基础上先后开启成人急性呼吸道感染综合监测和发热伴出血、皮疹和神经系统症候群监测试点工作。
2020年，借助第五轮上海市加强公共卫生体系建设三年行动计划项目，本市在上述已开展的三大综合监测工作基础上继续扩大监测范围和布局，增加监测点，进一步完善综合监测体系，加强多种病原体的连续监测工作。
目前，腹泻病综合监测、急性呼吸道感染综合监测和发热伴出血、皮疹和神经系统症候群监测这“三驾马车”已初步构成本市传染病综合监测体系。
拥有五大独到之处
这些监测系统在设计和实施上有五大特点：
——样本量和监测点布局力求科学 上海以既往多年的腹泻病和呼吸道等病例数为依据，结合各病种的发病特点，科学测算出最小样本量，并按照分层原则进行样本量分配，随机设置了监测点；
——数据采集和信息交换实现信息化及平台化 监测工作相对应的信息系统中所有信息的采集均实现网络化，并通过“二级平台”建设进行数据交换；
——打破部门壁垒，实现多资源融合 临床特征信息、流行病信息、病原检测信息、诊疗信息等监测相关资源通过系统平台进行了融合，各监测单位、各部门均可以使用和进一步开发数据资源，基本实现了系统间和系统内部的无缝连接；
——提高了病原监测的深度 系统采用“一样多检”策略，比如早期开展的腹泻病综合监测即对16种最主要腹泻病病原检测，较为全面地掌握上海腹泻的病原谱，并使用序列测定和PFGE等分子分析手段，构建分子信息库。同时使用贴近临床的耐药性检测方法构建细菌耐药库；
——开展临床辅助诊断和辅助治疗 比如腹泻病例症状很不典型，鉴别诊断较为困难，抗生素使用针对性不强。新监测体系克服了上述困难，通过腹泻病病原谱和临床特征分析，将不同病原体在临床特征和流行病学特征的差异及时反馈给医疗机构用于鉴别诊断，而耐药库信息则为临床用药提供有益参考。
取得六大显著成效
经过多年实践，本市传染病综合监测体系取得了初步成效。以腹泻病综合监测为例，首先构建了上海腹泻病监测的大数据。多年来，累计监测了近20万例腹泻病例，检测上万例腹泻病例，分离近万株肠道细菌和病毒毒株。包含临床特征、流行病、实验室检测、分子特征等信息的大数据，为今后腹泻的综合开发利用提供可能。
其次，初步掌握了上海腹泻病的病原谱特征及实时变化规律。如某年的监测数据表明，在检测阳性的腹泻病例中，诺如病毒占43.65%，轮状病毒占17.03%，副溶血性弧菌占14.07%，致病性大肠杆菌占13.03%。诺如病毒感染性腹泻每月均有病例发生，11月至次年2月的冬春季高发态势明显；致病性大肠杆菌、沙门氏菌成为细菌感染性腹泻的主要病原体，6至9月为季节性高峰。
第三，发现少见病原体或病原体血清型。如发现不太多见的轮状病毒C组以及A组中的G2P4血清型，也分离了较多的空肠弯曲菌、结肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森菌等引起腹泻的不常见细菌。
第四，提供暴发疫情的线索和科学依据。系统PFGE图谱库比较为此提供可能，如本市成功发现A区的病例图谱和B区红烧肉的图谱具有高度的同源性，最后经现场流行病调查确定一起发生在C区食用被副溶血性弧菌污染红烧肉的食源性疾病暴发疫情。
第五，探索出上海发生腹泻的最可能原因。流行病学因素监测发现，近30%病例病前5天有不洁饮食史，约20%病例家中饲养宠物。而在暴露的不洁食物中，近30%为肉和肉制品，约25%为海、水产品。
第六，初步构建症状监测的基线。已经收集了近20万例腹泻患者的临床信息，包含发热、腹泻、腹痛、呕吐、脱水、大便性状、里急后重等。结合病原检测结果分析，系统给出了初步症状监测的基线，这为今后开展症状监测和症状治疗提供可能。
监测“三驾马车”是上海构建传染病综合监测体系的一次尝试，“资源整合、技术创新”是建立综合监测模式的重要方法，做“加法”是将某类传染病相关的所有单病种监测进行了综合，做“减法”是将冗余和重复效果不佳部分进行优化，“减员增效”得到了充分体现。
上海市疾控中心表示，遵循“预防为先、医防融合”的建设目标，本市传染病综合监测体系将进一步完善系统并挖掘大数据，利用不同时间、年龄、性别、地区、病原等病例的症状差别，开启针对个体的“症状治疗”，实现智能诊断并依据耐药库和分子库进行针对性治疗。同时，在进一步完善症状监测基线后，全面开展症状监测，对传染病的发生和发展开展预测和预警，为上海市防病决策提供依据，为保障公众健康提供指引。